1.所有微生物制剂都应避免与消毒杀菌剂混合使用。
　　2.水体使用消毒后须经3天后方可使用。池塘消毒后氨氮会明显升高，异氧性细菌如气单胞菌也会首先大量繁殖，因此，消毒后二天必须使用一次EM菌原粉100克/亩.加光合细菌原粉100克/亩,以降低水中的氨氮,同时保持池塘中有益微生物的种群优势。
　　3.用生物肥水素时应结合光合细菌使用，效果更加明显，并可防止藻类老化造成水质变坏。
　　4.高效复合芽孢杆菌原粉所含主要菌为好气性细菌，使用时需同时开动增氧机有利于发挥利生素及加酶益生素的功效。
　　5.高效复合硝化细菌原粉应用时需提前投放。应用本微生物制剂需在头天晚上用一次过碳酸钠片状增氧剂，保证池塘中有充足的溶解氧，更有利于硝化细菌的迅速活化，提高降解亚硝酸盐的功效。
　　6.EM菌是一种复合的微生物群落，具有好氧菌、兼性厌氧菌、厌氧菌等几十种有益菌种。池塘泼洒EM菌，最好与（高效复合芽孢杆菌原粉、光合细菌原粉）等其中任何一种混合使用，改善水质可起到事半功倍的作用，效果更加理想。
　　7.养殖过程当中第一次可按说明书用量适当提高30-50%即可，以后每10天左右使用一次（只要按说明书用量即可，甚至可减少一定量使用都可以），可一直保持水质稳定。
　　8.如果池塘中只有氨氮含量高，亚硝酸盐含量较低的情况下，每亩用EM菌粉100克加光合细菌原粉100克或高效复合芽孢杆菌原粉50克，当天氨氮就可降低。
　　9.如果池塘中氨氮，亚硝酸盐含量都高的情况下，每亩用高效复合硝化细菌原粉100克和EM菌粉100克拌池塘水泼洒，2天后亚硝酸盐就开始降低，5天后降解效果非常明显。
　　10.如果池塘中亚硝酸盐含量高，氨氮含量较低的情况下，每亩只要用高效复合硝化细菌原粉100克拌池塘水泼洒即可，2天后亚硝酸盐就开始降低，5天后降解效果明显。